Фамилия Гайненов — сравнительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корни, стоит сразу отбросить стандартную модель «от имени предка», поскольку в православных святцах или в тюркском именослове имени Гайнен или Гайна нет. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или от этнического/территориального обозначения.

Ключ к разгадке — суффикс. Окончание -ов указывает на русскую модель патронимии (чьих? Гайненовых), но сама основа «Гайнен» — нерусская. Она могла возникнуть от слова «гайно» в некоторых говорах (беспорядок, шум, гам), но такая версия слаба: фамилии от подобных абстрактных понятий редки. Гораздо правдоподобнее версия, связывающая фамилию с этнонимом. В тюркских языках, особенно в башкирском и татарском, есть слово «гайна» — обозначение одного из крупных башкирских родов (племени Гайна). Прибавив к нему русский суффикс принадлежности -ов, получим «Гайненов» — буквально «потомок того, кто из рода Гайна». Это типичная картина для Поволжья и Приуралья, где русские фамилии нередко возникали у крещёных татар и башкир на основе родоплеменной принадлежности.

Есть и более прозаичная, но тоже вероятная версия: фамилия могла быть образована от прозвища Гайнен, данного человеку, который жил в местности с названием Гайны (такие топонимы встречаются в Пермском крае и Башкортостане). В этом случае фамилия указывает на выходца из деревни или урочища с таким именем. Иными словами, предок носителя фамилии мог быть либо «гайнинцем» (по племени), либо «гайновцем» (по месту жительства).

Социально фамилия Гайненов, скорее всего, недворянская. Она характерна для крестьянского или мещанского сословия, в основном из регионов, где соприкасались русское и тюркское население: Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье, Пермский край. Анализ словообразовательной модели показывает, что фамилия возникла не в центральной России, а на восточных окраинах, где процесс русификации местных названий шёл через добавление русских суффиксов. Встречаются варианты написания Гайнанов (с ударным «а» во втором слоге), но исходная форма Гайненов — более устойчива.