Фамилия Гайнеденов — яркий пример того, как тюркская фамилия хранит в себе арабское по происхождению имя. В основе лежит мужское личное имя Гайнеден — один из вариантов арабского имени Гайнедтин (встречается также написание Гайнутдин).

Слово распадается на две смысловые части. Первая — «гайн» (от арабского «айн» — глаз, источник, родник). Вторая — «един» или «дтин» (от арабского «дин» — религия, вера). Вместе имя означает «источник религии», «истинная вера» или «наблюдатель религии» (то есть тот, кто следит за её чистотой). Родители, называя так сына, желали ему стать глубоко верующим, достойным мусульманином.

Словообразовательная модель проста и типична для русской адаптации тюркских фамилий: к основе Гайнеден добавили русский патронимический суффикс -ов. Таким образом, Гайнеденов — это буквально «сын Гайнедена», «потомок того, кого звали Гайнеден».

Фамилия бытует преимущественно у казахов, татар и башкир. Встречаются варианты написания: Гайнетдинов (более близкий к арабскому произношению) и Гайнеденов (как результат местного произношения или упрощения). Оба варианта восходят к одному корню, и разница лишь в том, насколько точно письмо передаёт звучание исходного арабского имени.

Никаких данных о дворянском происхождении или принадлежности к конкретному сословию у фамилии Гайнеденов нет. Как и большинство фамилий на -ов у тюркских народов, она сформировалась в среде крестьян, ремесленников и торговцев в XIX — начале XX века, когда фамилии стали массово закрепляться в документах.