Фамилия Гайнеденов образована от казахского мужского имени Гайнеден, которое, вероятно, является вариантом арабского имени Гайнедтин. В переводе на русский язык оно означает «источник религии», «настоящая, истинная религия», «наблюдатель религии». Вполне вероятно, родители, нарекая ребёнка именем Гайнеден, желали своему сыну стать достойным мусульманином. Таким образом, потомок человека, которого звали Гайнеден, со временем получил фамилию Гайнеденов.