Фамилия Гефнер — одна из тех, что пришли в Россию вместе с немецкими переселенцами, которых приглашали осваивать Поволжье и южные губернии в XVIII–XIX веках. Чаще всего её считают вариантом более известной фамилии Гафнер (или Хафнер), распространённой на юго-западе Германии. В основе лежит немецкое слово Hafner — «горшечник, гончар». Это профессиональное прозвище: предок носителя фамилии Гефнер, скорее всего, делал глиняную посуду, печные изразцы или черепицу. Смена гласной «а» на «е» — не редкость в немецких диалектах, особенно при переходе фамилии в другую языковую среду, так что версия с гончарным ремеслом выглядит самой надёжной.

Существует и другая гипотеза, но она заметно слабее. Согласно ей, Гефнер — это краткая форма от древнегерманского имени Гебхардт (Gebhardt), где «Геф» — усечённая основа, а «-нер» — суффикс, указывающий на принадлежность. Однако для такого перехода нет убедительных примеров в немецкой антропонимике, а профессиональное прозвище «гончар» задокументировано в исторических источниках гораздо лучше.

В России фамилия Гефнер не получила массового распространения, но встречается в среде потомков немецких колонистов, сохранивших память о ремесле предков. По суффиксальной модели это типичная немецкая фамилия, образованная без русских окончаний — в отличие от фамилий на -ов или -ин, которые давали бы «Гефнеров». Само слово «Гефнер» осталось в исходной форме, что нередко бывает с фамилиями иностранного происхождения, закрепившимися в дворянских или городских сословиях.