По одной из версий, фамилия Гефнер является вариантом фамилии Гафнер (Хафнер), который встречается на юго-западе Германии. В этом случае она восходит к немецкому существительному Hafner со значением «горшечник, гончар». Прозвище Гафнер, которое легло в основу фамилии, относилось к профессиональным именованиям и указывало на род деятельности человека: вероятно, основатель рода Гефнер занимался изготовлением глиняной посуды. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, эта фамилия происходит от краткой формы имени германского Гебхардт, которая звучала как Гефнер.