Фамилия Гернер происходит от аналогичного прозвища, которое образовано от англо-норманского слова gerner. В буквальном переводе нарицательное gerner означает «житница, зернохранилище». Вероятнее всего, основатель рода Гернер был владельцем зернохранилища. Возможно и то, что предок Гернер проживал близ некой житницы. Однако нельзя исключить, что фамилия Гернер является вариантом фамилии Гарнер. В этом случае она образована от прозвища Гарнер, которое этимологически связано с немецким корнем garn – «сеть, ловушка». Суффикс -ер в данном случае имеет значение профессиональной принадлежности. Соответственно, Гарнером могли называть человека, который занимался охотой или рыбной ловлей. Также возможно, что в основе прозвища Гернер лежит название деревни Герне (Herne) в прусской провинции Вестфалии, в округе Арнсберг. Основатель рода Гернер мог быть выходцем из этого города.