Фамилия Гернец — редкий пример, где сталкиваются немецкая и восточнославянская версии происхождения, и ни одну из них нельзя отбросить с порога. Самое вероятное объяснение — топонимическое. Прозвище Гернец, скорее всего, дали человеку, который пришёл из местности под названием Герне (Herne) — это деревня в прусской провинции Вестфалия, в округе Арнсберг. Немецкий суффикс -ц в русской передаче мог закрепиться как указание на выходца («тот, кто из Герне»). Такой способ образования фамилий типичен для переселенцев из немецких земель, осевших в Прибалтике или на западе Российской империи.

Есть и вторая версия, связанная с дворянским родом. Основатель рода Гернец мог быть потомком старинного рода Герн герба Сулима. Этот род немецкого происхождения записан в VI часть родословных книг Витебской, Оренбургской и Смоленской губерний. Его родоначальником считается ротмистр воеводства минского Павел Герн (1688). Из этого рода происходил профессор, генерал-лейтенант Оттомар Борисович Герн, умерший в 1882 году. Однако здесь важно не путать: фамилия Гернец — не точный синоним фамилии Герн, а, возможно, её производная форма. Суффикс -ец мог добавиться уже на русской почве для различения ветвей рода или в бытовой речи (Герн → Гернец, то есть «из рода Гернов»).

Третья версия — исконно украинская. В таком случае фамилия могла образоваться от слова «гiрний» — «горный». Суффикс -ец здесь работает по той же модели, что в фамилиях Донец, Городец: указывает на место жительства. Основатель рода Гернец мог жить на горе или холме. Эта гипотеза менее подтверждена, чем немецкая, но её стоит учитывать, если фамилия встречается в украинских говорах или в областях, граничащих с Польшей и Беларусью, где пересекались славянские и немецкие влияния.

Что объединяет все три версии — суффикс -ец, который в русских, украинских и польских фамилиях выполняет роль патронимического или топонимического показателя. Он указывает на принадлежность к месту или роду. В фамилии Гернец этот суффикс — ключ к пониманию: перед нами не просто прозвище, а указание на происхождение, будь то немецкая деревня Герне, дворянский род Герн или украинское «гiрний».