По одной из версий, оно восходит к немецкому существительному Hafner со значением «горшечник, гончар». В этом случае прозвище Гефнер (Гепнер), которое легло в основу фамилии, относилось к профессиональным именованиям и указывало на род деятельности человека: вероятно, основатель рода Гепнер занимался изготовлением глиняной посуды. Согласно другой гипотезе, Гепнером (нем. Göpner) прозвали выходца из города Гобен (Goben) в Баварии.