Фамилия Гепер — редкая на русской почве, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, перед нами не исконно русское, а заимствованное прозвище, которое могло закрепиться в нескольких этнических средах. В отличие от типичных русских фамилий на -ов или -ин, окончание -ер указывает на германское, еврейское или тюркское влияние.

Самая вероятная версия — фамилия восходит к немецкому слову Geper (от глагола gepen — «зевать», «глазеть») или к нижненемецкому диалектному прозвищу для человека с открытым ртом, ротозея. В таком случае Гепер — это прозвище, данное по характерной манере поведения или внешности. В среде немецких колонистов, переселявшихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, подобные фамилии не редкость. Если предки носителя фамилии были выходцами из немецких поселений Поволжья или Причерноморья, то в основе лежит именно это прозвище.

Вторая версия — еврейская (ашкеназская). Фамилия Гепер могла образоваться от идишского «гепер» — производного от названия профессии или места. Например, от топонима Гепперт (Geppert) в Германии или от ивритского корня, связанного с торговлей. Встречается вариант написания Геппер — с удвоенной «п», что характерно для немецкой орфографии, но в русской записи часто упрощается.

Третий, менее распространённый вариант — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках слово «гепер» означает «сильный», «могучий». Если фамилия бытует в регионах с татарским или башкирским населением, это стоит учитывать, хотя такая гипотеза слабее подтверждена документально.

География фамилии сегодня размыта: единичные носители встречаются в России, Украине, Беларуси, а также в Германии и Израиле. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем появлении или малой численности рода.

Словообразовательная модель проста: основа (прозвище или имя) + суффикс -ер, который в русском языке не является фамильным, а указывает на заимствование. По сословной принадлежности предки могли быть ремесленниками, колонистами или мещанами, но точных данных об аристократическом или крестьянском происхождении нет.