Фамилия Гебер не относится к числу исконно русских, а её происхождение, скорее всего, связано с переселенцами из немецкоязычных земель или с еврейскими корнями. В основе лежит прозвище, которое давали по роду занятий или по личному имени.

Первый и наиболее вероятный вариант — немецкий. Фамилия образована от глагола heben — «поднимать». В таком случае прозвище Гебер (от heben) могли дать грузчику, носильщику или любому работнику, чья профессия требовала постоянного подъёма тяжестей. Это типичная модель для немецких фамилий, образованных от названия профессии (ср. Шнайдер — портной, Мюллер — мельник). Фонетически фамилия могла закрепиться в написании «Гебер» при переходе в русскую среду, где звук [h] часто передавался как «г».

Вторая версия связывает фамилию с еврейским мужским именем Гебер (варианты: Хебер, Хевор). В переводе с иврита это имя означает «товарищ» или «партнёр». В таком случае фамилия образована напрямую от имени отца, по патронимическому принципу, без дополнительных суффиксов. Эта модель встречается у еврейских фамилий, особенно у тех, что были записаны в документах на идиш или немецком языке.

Обе гипотезы имеют право на существование, и точное происхождение зависит от конкретной семейной истории. Носителей фамилии Гебер в России немного, что подтверждает её иноязычное происхождение. Встречаются также диалектальные варианты написания — Хебер, Хебар, Гебор, которые могли возникнуть из-за разницы в произношении в разных регионах Германии или при записи фамилии в метрических книгах.