Фамилия Гекова — женская форма от Геков, а та, в свою очередь, образована от мужского прозвища или имени Гек. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться, что стояло за этим коротким корнем.

Скорее всего, основа Гек — это усечённая форма крестильного имени. В русской традиции так могли сокращать имена на Г: Герасим, Георгий, Гавриил, Григорий. Усечение до первого слога или звука — обычная практика в бытовой речи: Гек вместо Герасим, Ваня вместо Иван, Степа вместо Степан. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Геков буквально значит «сын Гека» или «человек из семьи Гека». Такой способ словообразования — самый массовый для русских фамилий (около 60% по подсчётам Б. Унбегауна).

Вторая версия, менее распространённая, уводит в диалекты. В некоторых говорах «гек» или «гёк» могло быть звукоподражательным прозвищем — так называли человека с невнятной, быстрой речью или того, кто постоянно «гекает» (произносит «г» вместо других звуков). Однако эта гипотеза слабее: прозвища от глаголов обычно оформляются иначе (Гекало, Гекатый), а не в виде короткого корня Гек.

География фамилии подсказывает ещё один поворот. Фамилия Геков встречается не только у русских, но и у болгар. В болгарском языке слово «гек» означает «глухой звук» или «тупой удар», но чаще это прозвище давали человеку глуховатому или тугому на ухо. Болгарские фамилии на -ов тоже образуются по модели «чей?» — Геков, то есть сын Гека. Поэтому, если ваши предки родом из южных регионов России (Кубань, Ставрополье, Крым), нельзя исключать болгарский след: переселенцы из Болгарии активно осваивали эти земли в XIX веке.

Таким образом, у фамилии Гекова два возможных пути: либо она выросла из домашнего сокращения церковного имени (Герасим, Георгий), либо пришла вместе с переселенцами из Болгарии, где «гек» означало физический недостаток. Первый вариант вероятнее для центральной России, второй — для юга.