Фамилия Генкель — одна из тех, что пришли в Россию вместе с немецкими переселенцами, которых активно приглашали в XVIII–XIX веках осваивать земли Поволжья, Новороссии и Прибалтики. В основе лежит немецкое слово Henkel — «ручка, ушко, дужка». Такое прозвище или фамилию мог получить человек, чья работа была связана с изготовлением или продажей ручек, ушек для посуды, дужек для вёдер, либо же, по другой версии, мастер, делавший рукоятки для инструментов. В немецкой ономастике Henkel могло также быть прозвищем человека с характерной внешностью (например, за выступающие уши, по сходству с «ушком»), но для русских носителей эта связь уже неочевидна.

В России фамилия Генкель встречается редко и сохраняет яркую немецкую окраску. В отличие от фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский, которые образуются по русским моделям, Генкель не менял окончания и не русифицировался — это типичная «чистая» немецкая фамилия, которую принесли с собой ремесленники, аптекари, врачи и учителя. В документах XIX века носители фамилии встречаются в Санкт-Петербурге, Москве, а также в немецких колониях Саратовской и Самарской губерний. Ономастический словарь Б. Унбегауна не разбирает эту фамилию отдельно, но общий принцип ясен: фамилия образована от бытового слова-прозвища, без суффикса, что для немецких фамилий норма.

Можно предположить, что предки носителей фамилии Генкель в России были выходцами из немецких земель, скорее всего — ремесленниками или торговцами. Фамилия не получила массового распространения, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Генкель, ваши корни, вероятнее всего, ведут к конкретным немецким поселениям в России.