Фамилия Геккель образована от прозвища, которое, вероятно, происходит от диалектного, нижненемецкого глагола gecken - «дурачиться; насмехаться, издеваться (над кем-либо)». Также возможно, что в основе этого прозвища лежит немецкое слово Geck - «модник, позер, франт, щеголь». Скорее всего, прозвище Геккель указывало на определенные особенности характера человека. Однако не исключено, что в основе этой фамилии лежит имя Гек (Геккель) — краткая немецкая форма имени Иаков, которое переводится с древнееврейского как «второй по рождению».