Фамилия Гензбург, скорее всего, является фонетическим вариантом фамилии Гюнцбург. В свою очередь, фамилия Гюнцбург образована от аналогичного прозвища, восходящего к топониму Гюнцбург. Так называется город в Баварии. Вероятно, именование Гюнцбург указывает на место, родом из которого был человек. Так могли назвать выходца из Гюнцбурга. Впервые фамилия Гюнцбург упоминается в документах XVI века.