Основой фамилии Гермогенов послужило церковное имя Гермоген. Мужское крестильное имя Гермоген в переводе с греческого означает «потомок Гермеса». Гермес у древних греков являлся богом торговли, прибыли, разумности, ловкости и красноречия. Одним из покровителей этого имени является Святой мученик Гермоген, пострадавший за Христа около 312 года. Гермоген сначала сам был мучителем христиан, однако потом уверовал в Сына Божия, за что и был обезглавлен. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Гермоген, со временем получил фамилию Гермогенов.