Фамилия Гермогенова происходит от мужского крестильного имени Гермоген, что в переводе с греческого означает «потомок Гермеса». У древних греков Гермес считался богом торговли, прибыли, ловкости и красноречия. Одним из небесных покровителей имени стал Святой мученик Гермоген, пострадавший за веру около 312 года. Сначала он сам преследовал христиан, но затем уверовал в Христа и был обезглавлен.

Имя Гермоген было редким и книжным, поэтому его давали в основном людям из духовного сословия или образованных слоёв. Скорее всего, основатель рода Гермогеновых обладал высоким социальным статусом — мог быть священником, дьяконом или монахом. Отчество Гермогенович со временем закрепилось как фамилия, а форма Гермогенова указывает на женскую линию рода или принадлежность жене носителя фамилии.

В архивных источниках фамилия встречается в нескольких регионах. В Книгу памяти Смоленской области внесён плотник Гермогенов Александр Яковлевич, 1915 года рождения из деревни Вязищи Темкинского района. В Книге памяти Республики Саха упоминается охотник Гермогенов Алексей Николаевич (р. 1882) из Алданского округа. В Книге памяти Мурманской области записан Гермогенов Степан Гермогенович (р. 1884) из деревни Дубчино Подпорожского района Ленинградской области.

Интересно, что в этих записях фамилия встречается у людей разных профессий — от плотника до охотника, хотя имя-основа остаётся редким. Это говорит о том, что фамилия не была массовой, а её носители сохраняли связь с исходным именем на протяжении поколений.