Фамилия Гермогентов образована от полной формы крестильного имени Гермогент (встречается также вариант Гермоген). По происхождению имя греческое: «Гермогенес» означает «потомок Гермеса». Гермес в античной мифологии — бог торговли, прибыли, ловкости и красноречия, так что имя несло пожелание ума, удачи и дара убеждения. В православных святцах имя закрепилось благодаря мученику Гермогену, который, по преданию, сначала сам преследовал христиан, но затем обратился и принял казнь около 312 года.

Типичная модель образования фамилии: к основе имени Гермогент прибавили притяжательный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Гермогента). В русской традиции такие фамилии в XVI–XVII веках закреплялись за потомками человека с этим именем, причём независимо от его сословия — и за крестьянами, и за духовенством, и за дворянами.

Фамилия Гермогентов — довольно редкая. Встречается в центральных и северных областях России, где были сильны старообрядческие общины: имя Гермоген почиталось в старообрядчестве, поэтому фамилия могла бытовать именно в среде староверов. Также она фиксируется в среде духовенства — в XIX веке семинаристы нередко получали фамилии по имени святого, особенно если сам священник или его отец носил это имя. Впрочем, в данном случае фамилия могла возникнуть и естественным путём, без искусственного семинарского присвоения: от отца, которого звали Гермогент.

Сравните с однокоренными фамилиями: Гермогенов (от более краткой формы имени), Гермогенский (характерный для духовного сословия суффикс -ский). Гермогентов стоит в том же ряду, что и, например, Гермонов или Ермогентов — последняя форма появилась из-за аканья и упрощения произношения в народной среде.

Таким образом, фамилия Гермогентов напрямую отсылает к имени Гермогент, которое в переводе с греческого означает «потомок Гермеса». Носитель этой фамилии — потомок человека, названного в честь святого мученика или просто получившего редкое, но звучное имя, несущее память об античном боге торговли и красноречия.