Фамилия Гидей — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а тюркское личное имя. Её образовали от имени Гидей (или Гидай), которое у тюркских народов означало «крепкий», «сильный», «выносливый». Такие имена давали мальчикам с пожеланием физической стойкости и долгой жизни. Фамилия закрепилась в форме краткого притяжательного прилагательного с нулевым суффиксом — без типичных русских окончаний -ов или -ин, что прямо указывает на тюркское происхождение.

Географически фамилия привязана к югу России и Поволжью. Больше всего носителей встречается среди кубанских казаков и в Астраханской области — регионах, где веками жили бок о бок русские, татары, ногайцы и калмыки. Там имя Гидей могло попасть в русские метрические книги через межэтнические браки или при переходе крещёных татар в православие. В центральных губерниях России фамилия почти не встречается.

Словообразовательная модель здесь необычна для русской ономастики. В русском языке фамилии на -ей обычно восходят к церковным именам (Андрей, Матвей) или к прозвищам (Гнидей — от «гнилой»). Но Гидей стоит особняком: у него нет славянской внутренней формы. Если бы фамилия была русской, её писали бы как Гидеев или Гидин — с суффиксом принадлежности. Отсутствие суффикса — верный признак того, что фамилию не переделывали, а записали в исходном тюркском виде.

Время возникновения фамилии — скорее всего, вторая половина XVII — начало XIX века, когда на южных окраинах России активно шёл учёт служилых людей и казаков. В ревизских сказках и исповедных росписях имя Гидей фиксировали как есть, без русификации, потому что чиновники в многонациональных регионах привыкли к разным именам.

Стоит отличать фамилию Гидей от похожей, но самостоятельной фамилии Гидаев — та образована от имени Гидай с помощью русского суффикса -ев и встречается в основном у татар и башкир. Гидей же — пример того, как фамилия сохранила исходный тюркский корень без адаптации к русской грамматике.