Фамилия Гинкота — редкая и неочевидная. В ней нет привычного славянского суффикса -ов или -ин, поэтому первое, что бросается в глаза, — её нерусское происхождение. Скорее всего, это фамилия, которая пришла в русский язык из Западной или Южной Европы, но могла и сформироваться на окраинах Российской империи.

Наиболее вероятная версия — итальянские корни. В итальянском языке есть слово «ginko» (производное от латинского gingo, gingiva — десна), а также фамилия Gincotta. Окончание -otta в итальянском — уменьшительно-ласкательный суффикс (как в casetta — домик). Таким образом, Гинкота могла означать «маленькая десна» или быть прозвищем по какой-то физической особенности — например, человека с заметными дёснами или с дефектом речи, связанным с ними. Такие прозвища были обычны в средневековой Италии, где фамилии часто возникали из описания внешности.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с японским деревом гинкго. Однако в этом случае фамилия скорее была бы искусственной, книжной, и вряд ли возникла бы в крестьянской среде. К тому же, гинкго произносится с твёрдым «г», а не с мягким, как в фамилии.

В русском контексте фамилия Гинкота могла появиться через браки с итальянцами (например, архитекторами или музыкантами, работавшими в России в XVIII–XIX веках) либо через переселенцев из Греции или Молдавии, где итальянское влияние ощущалось сильнее. Встречается она крайне редко: по открытым данным, носители живут в основном на юге России и в Украине, что косвенно подтверждает «средиземноморский» след.

Есть и совсем маргинальное объяснение: фамилия могла быть искусственно создана в советское время при смене документов — например, от аббревиатуры или искажения другой фамилии (Гинк, Гинко). Но для этого нет доказательств. Самая рабочая гипотеза — итальянское прозвище, которое закрепилось как фамилия и было русифицировано в написании.