Фамилия Гинковская — женская форма, образованная по модели «-ский/-ская», самой распространённой среди польской и украинской шляхты, а также среди духовенства и мещанства на западе Российской империи. Мужской вариант — Гинковский.

В основе фамилии лежит корень «Гинк-», который почти наверняка является вариантом имени «Гинк» — краткой формы от католического имени Генрих (в польском произношении — Хенрик). Уменьшительные формы вроде Гинек, Гинько, Гинка были широко распространены в Польше, Беларуси и на западе Украины. Соответственно, Гинковский — это «сын Гинка» или «человек из рода Гинка», а форма на «-ский» указывает на дворянское или хотя бы шляхетское происхождение: в Речи Посполитой такие фамилии часто закреплялись за владельцами имений или за теми, кто приписывался к определённому месту.

Есть и более редкая версия: от топонима Гинково или Гинков — название деревни или хутора, где жил основатель рода. Такие поселения встречаются в Польше (например, Ginków в Малопольском воеводстве) и на территории современной Беларуси. Если фамилия действительно топонимическая, то её носитель — выходец из этого населённого пункта.

В России фамилия Гинковская встречается редко и сосредоточена в регионах, которые исторически входили в состав Речи Посполитой или были западными губерниями: Смоленская, Витебская, Могилёвская области. В XX веке носители фамилии могли переселиться в Сибирь и на Дальний Восток в ходе переселенческих кампаний.

Социальный контекст: фамилии на «-ский/-ская» часто давали не только дворянам, но и духовенству (семинаристам могли присваивать «искусственную» фамилию по названию церковного праздника или имени святого). В случае Гинковской связь с именем Гинк (Генрих) указывает скорее на католическое или униатское происхождение, чем на православное. Значит, предки носительницы фамилии с большой вероятностью были либо польской шляхтой, либо мещанами-католиками из западных земель.