Фамилия Гинкины происходит от мужского личного имени Гинка. В русском языке это уменьшительная форма одного из крестильных имён — скорее всего, Евгений (в народном произношении Евгений часто превращался в Гений, а оттуда в уменьшительное Гинка) или, реже, Георгий (через просторечную форму Егорий). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Гинкин буквально означает «сын Гинки» или «человек из семьи Гинки».

Модель образования фамилии — одна из самых распространённых в восточнославянской ономастике. По такому же принципу построены фамилии на -ин от прозвищ, имён и профессий (Пушкин, Ильин, Кузьмин). Однако основа Гинка встречается нечасто, что делает фамилию Гинкины относительно редкой и отчётливо указывает на её происхождение от конкретного прозвища, а не от широко распространённого канонического имени.

Вероятно, в основе лежит не церковное, а бытовое, домашнее имя Гинка. В славянской традиции такие имена часто давали детям до крещения или использовали в семье наряду с официальным именем. Гинка могло быть ласкательным обращением к ребёнку, а позже закрепиться за родом. Альтернативная версия — связь с диалектным словом «гинка» (от «гинуть» — гибнуть, пропадать), но она менее убедительна, так как прозвища с негативным оттенком редко становились основой для фамилий без дополнительного контекста.

Фамилия Гинкины, как и другие фамилии на -ин, прежде всего бытовала в среде крестьян и мещан центральной России, а также на территориях, находившихся под влиянием русской культуры. Встречается она и у украинцев, и у белорусов, где аналогичные формы (Гінка, Гинька) фиксировались в документах XVII–XVIII веков. Это говорит о том, что фамилия могла сформироваться в разных регионах независимо, но по одной и той же словообразовательной модели.

Точное время и место возникновения фамилии Гинкин для каждой конкретной семьи можно установить только через архивные разыскания: метрические книги, ревизские сказки, переписи. Но уже сейчас ясно, что фамилия эта — не случайный набор звуков, а живой след семейной истории, в котором сохранилось имя предка, жившего несколько столетий назад.