Фамилия Гинькины — редкий случай, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем разбор корня. Основная масса носителей этой фамилии исторически сосредоточена на Русском Севере, в частности в бывшей Вологодской губернии и в Заонежье. Это не случайно: фамилии на -ин здесь образовывали от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я, а суффикс -к- (Гиньк-ин) указывает на уменьшительную или пренебрежительную форму исходного слова.

В основе лежит прозвище Гинька. Самое правдоподобное объяснение ведёт к диалектному северному слову «гиня» — так в некоторых говорах называли гниль, труху, а также вялого, хилого человека. В словаре вологодских говоров зафиксировано «гинуть» в значении «портиться, гнить». Прозвище Гинька могли дать либо болезненному, слабому ребёнку (чтобы «обмануть» нечистую силу — назвать плохим, чтобы рос здоровым), либо человеку, который занимался переборкой гнилого товара, например, рыбы или леса.

Есть и менее вероятная версия — от крестильного имени Георгий в его народных формах. На Севере Георгия нередко звали Егором, Юрием, а в некоторых говорах — Гиной или Гиней. От таких форм вполне могла возникнуть уменьшительная фамилия Гинькин. Но против этой версии говорит то, что переход «Георгий → Гина» встречается реже, чем «Георгий → Егор», а фамилия Гинькины — не частотная, штучная.

Таким образом, предок-носитель фамилии Гинькины — скорее всего, крестьянин или посадский человек из северных земель, получивший уличное прозвище по внешнему виду или роду занятий. Фамилия не дворянская, не купеческая, а чисто народная, что подтверждается её суффиксом и ареалом. В метрических книгах XIX века Гинькины встречаются в основном среди государственных крестьян Олонецкой и Вологодской губерний.