Фамилия Гинько чаще всего связывают с географическим названием — деревней Гиньки, которая находилась в Норицкой волости Виленского уезда (историческая территория современной Белоруссии). Вполне вероятно, что основатель рода родился или жил в тех местах, а его потомки получили фамилию по названию родного поселения. Эта версия кажется наиболее прямой, особенно если учесть, что фамилии на -ко характерны для восточнославянских земель, где топонимические прозвища нередко закреплялись в качестве родового имени.

Существует и другая, лингвистическая версия. Согласно ей, в основе фамилии лежит прозвище Гинька, которое восходит к украинскому прилагательному «гінкий» — «вытянутый вверх, тонкий». Такое прозвище могло указывать на внешность предка: вероятно, он был высоким и стройным человеком. В переносном значении слово «гінкий» означало также «быстрый, стремительный», поэтому прозвище могло достаться человеку проворному и целеустремлённому. Обе версии не противоречат друг другу: прозвище по внешности или характеру могло возникнуть независимо от топонима, но в каждом конкретном случае истинное происхождение фамилии можно установить лишь по семейным преданиям или архивным записям.

Фамилия Гинько встречается преимущественно в украинской и белорусской среде, что подтверждает её связь с регионом. Суффикс -ко типичен для украинских фамилий, образованных от прозвищ или названий местности. В русском языке аналогичные фамилии часто приобретали окончание -ов/-ев, но форма Гинько сохранилась в исходном виде, что говорит о её южнорусских или западнорусских корнях.