Фамилия Гисаева — женская форма фамилии Гисаев. В русской традиции такие фамилии образуются от мужского варианта через суффикс -а, указывающий на принадлежность: «чья?» — Гисаева. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужскую основу.

Основа фамилии — Гис. Это редкое имя или прозвище, которое может восходить к нескольким корням. Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках «гис» (варианты «кыз», «гъыз») означает «девочка», «дочь». В этом случае прозвище Гис могли дать долгожданной девочке в семье, где ждали сына, или, наоборот, единственной дочери. Такие «защитные» имена, призванные обмануть злых духов, были распространены у многих народов.

Вторая версия — арабское или персидское происхождение от имени Хисам (в значении «меч»). При переходе в тюркскую или кавказскую среду звук «х» мог редуцироваться до «г», а окончание упроститься. Фамилия могла образоваться от имени Гис, которое является сокращённой формой от Гисам или Гисмет (араб. «судьба», «рок»).

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Гисаев буквально означает «сын Гиса». Такая словообразовательная модель характерна для фамилий народов Северного Кавказа (ингушей, чеченцев, осетин), а также для тюркских народов (татар, башкир). Фамилия Гисаева распространена преимущественно в Ингушетии и Чечне.

В осетинском языке существует личное имя Гис (Гисо), которое могло быть краткой формой от Георгий или от имени Хазби. В этом случае фамилия могла возникнуть в среде осетин-дигорцев.

Таким образом, носительница фамилии Гисаева с высокой вероятностью имеет предков, живших на Кавказе или в Поволжье, а исходное имя или прозвище было связано либо с семейным положением (долгожданная дочь), либо с именем, имеющим арабские корни.