Фамилия Гисин — один из тех случаев, когда за короткой основой скрывается сразу несколько возможных путей происхождения, и выбрать единственный бывает непросто. В центре внимания — имя Гися (или Гиса), от которого с помощью патронимического суффикса -ин и была образована фамилия. Суффикс -ин в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — «Гисин», то есть сын или потомок Гиси.

Самое частое объяснение возводит Гися к библейскому имени Исайя (в русской традиции — Исай). Исайя в переводе с древнееврейского означает «спасение Господне». В Библии это имя носил один из великих пророков, выходец из знатной иудейской семьи. Его пророчества о Мессии и проповеди социальной справедливости и всеобщего равенства настолько выделялись, что некоторые исследователи даже называют его предтечей социалистических мыслителей последующих веков. Если принять эту версию, то имя Гися — это народная, сокращённая форма имени Исайя, где начальный гласный отпал, а конечный смягчился.

Однако есть и другая версия, которую нельзя сбрасывать со счетов: существовало и женское имя Гися. Оно могло быть производной формой от нескольких еврейских имён: от Гавриэла (женская форма имени Гавриэль), от Галит (в переводе с иврита — «волна») или от Гила (производное от Гиль, что значит «радость»). В таком случае фамилия Гисин могла образоваться от женского имени — такое встречается, когда мать играла ключевую роль в семье или была единственным кормильцем.

Какой из вариантов правдоподобнее? С точки зрения словообразования, фамилии на -ин от имён на -я (Гися) типичны для еврейских фамилий, возникших в черте оседлости. Версия с мужским именем Исайя выглядит более массовой и логичной: имя было распространённым, а сокращение до Гися — естественным для бытовой речи. Версия с женским именем возможна, но статистически встречается реже. Скорее всего, большинство носителей фамилии Гисин ведут род от человека, которого в обиходе звали Гися, а полное имя было Исайя.