Фамилия Гмызин образована от прозвища Гмыза, которое восходит к диалектному глаголу «гмызить». В вологодских и пермских говорах это слово означало «сердиться, ворчать, брюзжать». Таким образом, прозвище могло указывать на характер предка — человека ворчливого или недовольного. Однако здесь скрыт и другой, менее очевидный смысл. В народной культуре такие прозвища нередко выполняли роль оберега: называя ребёнка Гмызой, родители как бы «отводили» от него злые силы, надеясь, что сын вырастет добрым и весёлым, вопреки мрачному прозвищу.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «сын Гмызы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я (ср. Пушкин, Ильин, Фомин). Географически фамилия Гмызин тяготеет к северным и уральским регионам — именно там бытовал глагол «гмызить». Встречаются также однокоренные фамилии: Гмыз, Гмызко, Гмырев, но Гмызин — самая распространённая форма.

Что примечательно: прозвище Гмыза не имеет очевидной связи с каким-либо ремеслом или социальным статусом, что делает фамилию чисто характеризующей. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались преимущественно среди крестьян и мещан Вологодской и Пермской губерний. Дворянских родов с такой фамилией не известно — это фамилия народная, крестьянская.