Фамилия Гнилокишкин — редкий случай, когда в основе лежит не профессия, не имя, а бытовая и, прямо скажем, малоприятная деталь. Корень здесь — «гнилой» и «кишка». Кажется, что перед нами прозвище, данное человеку с плохим пищеварением или, в переносном смысле, с «гнилым нутром». Однако есть и другая, более конкретная версия.

В русских говорах «гнилыми кишками» называли не только больной желудок. Так могли прозвищем наградить кожевника или мясника, который имел дело с испорченным сырьём. В старину кишки использовали для изготовления колбас и струн, и если мастер работал с некачественным, подгнившим материалом, его могли «наградить» такой фамилией. Прозвище Гнилокишка — прямое, без обиняков, что характерно для деревенского уклада, где не церемонились с меткими характеристиками.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Гнилокишкин, то есть сын, потомок Гнилокишки. Это типичная модель русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия эта редкая и почти не встречается за пределами центральных областей России. В дореволюционных переписях её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а прозвище давалось в насмешку или по роду занятий — без злого умысла, а как факт.

В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается — она из разряда «низовых», не попавших в списки дворянства или духовенства. Её происхождение настолько прозрачно, что не требует сложных лингвистических реконструкций. Единственный спорный момент: могла ли фамилия образоваться от названия болезни или это всё-таки профессиональное прозвище? Скорее второе — слишком уж конкретна деталь. В любом случае, Гнилокишкин — не про «гнилую душу», а про суровый быт, где каждому давали имя по делу.