Фамилия Гнилокишко — яркий пример украинских ироничных прозвищ, построенных по модели «прилагательное + существительное». В основе лежит словосочетание «гнила кишка»: первая часть восходит к прилагательному «гнилий» (гнилой), вторая — к существительному «кишка». Суффикс -к-о типичен для украинских фамилий, он оформляет прозвище и придаёт ему фамильное звучание, не указывая напрямую на род занятий или место жительства.

Скорее всего, прозвище Гнилокишко получил человек, у которого были проблемы с пищеварением — в народе такие недуги описывали прямо и без обиняков. В крестьянской среде, где здоровье и выносливость ценились наравне с трудолюбием, хроническая болезнь живота могла стать заметной чертой, закреплённой в прозвище. Однако не исключён и переносный смысл: «гнилой» иногда означало «слабый», «ненадёжный» или «негодный», а «кишка» в переносном значении ассоциировалась с внутренней сутью человека. В таком случае прозвище могло указывать на характер — нерешительного или «дряблого» человека, которому не хватало твёрдости.

Фамилия редкая, её география ограничена в основном западными и центральными регионами Украины, где подобные двухосновные прозвища были особенно распространены. В русских метрических книгах фамилия почти не встречается — это дополнительное указание на её украинские корни. Сравнение с однокоренными фамилиями (Гнилоквас, Гниломёдов, Гнилорыбов) показывает, что модель «гнилой + предмет» была продуктивной для ироничных, бытовых прозвищ, часто без обидного подтекста — скорее с долей насмешливого добродушия.

В современных справочниках по ономастике фамилия Гнилокишко обычно трактуется именно как прозвище по физическому состоянию, а не по профессии. Вариантов происхождения от географического названия или календарного имени нет — это чисто бытовое имя, родившееся из наблюдения за внешностью или здоровьем человека.