Фамилия Гнилокишка — яркий пример так называемой «говорящей» фамилии, которая родилась из прозвища, данного человеку за внешность, характер или, что вероятнее, за его ремесло. В её основе лежат два древнерусских корня: «гнил-» (гнилой, испорченный) и «кишк-» (кишка, внутренности). Звучит это грубо, но для XV–XVII веков, когда фамилии только начинали закрепляться, такие прозвища были обычным делом. Их давали не с целью оскорбить, а как меткую бытовую характеристику.

Самая правдоподобная версия происхождения — профессиональная. Прозвище Гнилокишка мог получить человек, работавший с внутренностями животных: кожевник, сыромятник, колбасник или живодёр. В условиях отсутствия холодильников кишки и требуха быстро портились, в мастерских стоял характерный запах. Мастер, который постоянно имел дело с таким сырьём, и получал от соседей нелестное, но точное прозвище. В этом случае фамилия — не про болезнь, а про работу.

Менее вероятна, но тоже возможна версия «внутреннего» прозвища. Так могли назвать человека с хроническим расстройством желудка или того, кто казался окружающим «гнилым нутром» — злым, ненадёжным, подлым. Однако в ономастике известна закономерность: прозвища по физическим недостаткам чаще строятся по модели «Хромой», «Глухой», «Кривой», а сложносоставные, как Гнилокишка, почти всегда указывают на род занятий или шутливую бытовую черту.

Словообразовательная модель фамилии — типичная для русских «прозвищных» фамилий: основа именительного падежа (Гнилокишк-) плюс суффикс -а. Такие фамилии обычно не склонялись по падежам в мужском роде (Пётр Гнилокишка) и не имеют дополнительного суффикса -ов/-ин, что говорит об их раннем, «документальном» происхождении: прозвище просто записали в перепись как есть. Позже, при переходе к наследственной фамилии, она могла получить окончание -ов (Гнилокишков), но форма без суффикса сохранилась как архаичная.

Фамилия чрезвычайно редкая. Встретить её можно в основном на юге России и в Поволжье, где было сильно развито скотоводство и кожевенное дело. Среди однокоренных «собратьев» — фамилии Гнилорыбов, Гнилобоков, Кишкин. Но Гнилокишка стоит особняком: она сохранила самую грубую, «ремесленную» форму, не смягчённую книжным суффиксом, и потому звучит как живой голос средневековой русской слободы.