Фамилия Гнилозубенко образована от прозвища Гнилозуб, которое состоит из двух частей: «гнилой» и «зуб». Первая из них берет начало от прилагательного «гнилой» со значением «сгнивший, испорченный», а вторая – к нарицательному «зуб», то есть «косточка, вырастающая из ячейки челюсти, для укуса и размола пищи». Таким образом, именование Гнилозуб можно трактовать как «тот, у кого гнилой зуб». Можно предположить, что именование Гнилозуб принадлежало человеку, у которого были больные зубы. Так и прозвище Гнилозуб закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Гнилозубенко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гнилозуб, со временем получил фамилию Гнилозубенко.