Фамилия Гобатюк — яркий пример украинской модели образования фамилий с помощью суффикса -юк. Этот суффикс, распространённый в основном на западе и в центре Украины (Волынь, Подолье, Галичина), указывает на родство: буквально «малый», «сын» или «потомок» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. В данном случае основа — «Гобат».

Сам корень «Гобат» — нечастое прозвище. Наиболее вероятное объяснение ведёт к украинскому диалектному слову «гобатий» — «горбатый», «сутулый». Прозвище Гобатый могли дать человеку с характерной осанкой или небольшим физическим изъяном. В говорах встречается и слово «гоб» — «горб», а также производные вроде «гобатити» (гнуть, горбить). Таким образом, Гобатюк — это «сын Гобатого» или «потомок горбуна».

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с польским «gobaty» (редкое, почти не фиксируемое слово) или с искажённым немецким именем (Гоберт, Готфрид). Для украинской ономастики прозвищная основа по внешнему признаку — типичный и естественный путь, поэтому версия с «горбатым» остаётся основной.

Интересно, что фамилия Гобатюк встречается не только на Украине, но и в южных регионах России, куда она попала с волнами переселения из Малороссии в XVIII–XIX веках. Встречаются варианты написания: Гобатюк, реже — Гобатюк (с ударением на последний слог, что характерно для западных говоров). Фамилия не относится к числу дворянских или старшинских — её носители, скорее всего, были крестьянами или казаками, а прозвище закрепилось за родом без перехода в другое сословие.