Фамилия Годуленко образована по распространённой восточнославянской модели с патронимическим суффиксом -енко, который в украинской традиции означает «сын» или «потомок». Таким образом, Годуленко — буквально «сын Годули». Основа фамилии — личное прозвище Годуля, и его происхождение неоднозначно, открывая как минимум два возможных пути.

Первый и самый прямой вариант связывает прозвище с украинским словом «годуля» — «корм, еда». В этом случае Годулей могли прозвать человека, чья работа была напрямую связана с пропитанием. Это мог быть искусный повар, кормилец в большом хозяйстве или человек, занимавшийся заготовкой кормов для скота. Такое «профессиональное» прозвище было практичным и понятным в крестьянской среде, где род занятий часто становился основой для фамильного имени.

Вторая, менее очевидная, но тоже имеющая право на существование гипотеза, отталкивается от украинского слова «годулка». Так называется болгарский струнный смычковый музыкальный инструмент, напоминающий гудок или скрипку. Если это предположение верно, то прозвище Годуля мог получить либо музыкант, игравший на подобном инструменте, либо мастер, изготавливавший такие гудки. В любом случае, обе версии указывают на то, что прозвище было дано по заметной черте или роду занятий человека, который и стал родоначальником фамилии. Со временем прозвище Годуля закрепилось в документах, и его потомки стали писаться как Годуленко.