Фамилия Голобоярова — женская форма фамилии Голобояров, и её происхождение уходит корнями в дохристианские прозвища. В основе лежит прилагательное «голый» и слово «боярин» или глагол «боярить» (управлять, быть боярином). Самая прямая версия: так в старину могли прозвать обедневшего, «голого» боярина — то есть потомка знатного рода, утратившего состояние или земли. Прозвище звучало насмешливо, но не обязательно оскорбительно: на Руси подобные имена фиксировали социальный контраст.

Модель образования типична для русских фамилий: основа Голобояр- плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Голобояра). Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Голобоя́ров, что характерно для фамилий, образованных от сложных прозвищ. Суффикс -ов здесь не редок, но сама основа уникальна: сочетание «голый» + «боярин» встречается в ономастиконе нечасто, что отличает фамилию от более массовых Головиных или Голубевых.

Встречается фамилия в основном в южнорусских и поволжских регионах, где исторически было сильно казачество. В казачьей среде прозвища часто носили ироничный или бытовой характер: Голобояров мог быть не бедным дворянином, а просто человеком, который «боярится» (важничает) без достатка. Сравните с однокоренными фамилиями Голоколенцев, Голопупов — все они из той же «голой» серии, подчёркивающей отсутствие чего-либо.

Вариант с корнем «бояр» иногда связывают с тюркским «бай» (богач, хозяин), но для Голобоярова это натяжка: первая часть «гол-» однозначно славянская. Фамилия не документирована в древних боярских списках, что подтверждает её прозвищное, а не родовое происхождение. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, получившими фамилию по уличному прозвищу предка — без связи с реальным боярством.