Фамилия Голонец — редкий случай, когда географический и языковой след почти не оставляет сомнений. Скорее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, образованная от прозвища Голый (Голо́й) с помощью суффикса -ец. Суффикс -ец в восточнославянских фамилиях часто указывал на происхождение из определённой местности или на характерный признак: «голый человек» — тот, кто беден, не имеет имущества, или же просто лысый. В украинском языке слово «голий» означает и «бедный», и «лысый», поэтому прозвище могло закрепиться за человеком с разными внешними или социальными чертами.

Форма Голонец, а не Голец или Голый, указывает на то, что прозвище адаптировали через модель «основа + -ец». Такая модель типична для фамилий, возникших на землях Речи Посполитой: в польском, украинском и белорусском ономастиконе суффикс -ец (польск. -iec) был активным. Сравните: Голый → Голонец, как Босый → Босонец, Хромой → Хромонец. Это не русская фамилия с суффиксом -ов/-ев, а скорее западнорусская или малороссийская.

Второй, менее вероятный вариант — происхождение от топонима. В Беларуси есть деревня Голонец (Минская область), в Польше — населённые пункты Gołoniec. Фамилия могла возникнуть как указание на выходца из такого места: «Голонец» — тот, кто родом из Голонца. Но прозвищная версия выглядит более естественной, потому что фамилии на -ец от прозвищ встречаются чаще, чем от названий деревень.

В XVIII–XIX веках носители фамилии Голонец фиксировались преимущественно на территории современной Украины (особенно в Черниговской и Полтавской губерниях) и в южных районах Беларуси. Сословно это были в основном крестьяне и казаки — люди, чьё прозвище могло отражать их скромное положение. Фамилия не была дворянской и не попала в родословные книги, поэтому её носители — типичные представители сельских общин.

Словообразовательный анализ показывает: основа «гол-» (корень, общий для слов «голый», «голь», «голота») плюс суффикс -онец. Ударение, скорее всего, на последний слог: Голоне́ц. В русском языке фамилия встречается редко, но сохраняет узнаваемую южнославянскую или западнорусскую окраску.