Фамилия Голоненко — яркий пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых продуктивных на востоке Украины, изначально означал «маленький» или «сын»: Голоненко — буквально «сын Голона». В XVII–XVIII веках именно такие фамилии закрепились за казаками и крестьянами Левобережной и Слободской Украины, а позже стали массовыми. Сейчас фамилия встречается в основном в Украине и южных областях России, куда переселялись украинцы.

Корень фамилии спорный. Самая вероятная версия — от прозвища Голон, которое восходит к слову «голый» или «голоть» (голод, нехватка). В украинских говорах «голон» могли называть бедного человека, того, кто «гол как сокол», или, наоборот, лысого, с непокрытой головой. Менее убедительна связь с «голоногий» (босой) — для этого прозвища в языке есть более прямые формы. В словаре украинских фамилий Ю. Редько подобные основы обычно относят к прозвищам по внешнему признаку или социальному статусу.

Интересная деталь: фамилия могла возникнуть и на русской почве, но с другим ударением. В северных русских говорах «голоня» — это голень, часть ноги. Если бы фамилия образовалась от этого слова, она бы звучала как Голонин или Голонев. Суффикс -енко для русского севера нехарактерен, поэтому украинское происхождение выглядит правдоподобнее.

Родственные фамилии — Голонько, Голоненков, Голонов. Все они держатся вокруг одного корня, но с разными суффиксами. Голоненко — самая распространённая из них, что лишний раз подтверждает её «казацкий» формант. В дореволюционных метриках носители фамилии чаще всего записаны как мещане или казаки Черниговской и Полтавской губерний, реже — как крестьяне.

Сословной элиты среди Голоненко не было: фамилия не встречается в дворянских родословных книгах. Это фамилия простого люда — тех, кто кормился ремеслом или землёй. Если ваш предок носил её, скорее всего, он был из малороссийских казаков или государственных крестьян.