Фамилия Голоновы — редкий случай, когда прозвище предка, скорее всего, привязано не к местной речке или лесу, а к библейскому топониму. В основе лежит прозвище Голон, которое исследователи выводят от названия древнего города Холон. Этот город упоминается в Ветхом Завете как владение колена Иехуды (Иуды) на территории современного Израиля. Название Холон происходит от семитского корня «холот», то есть «пески». Таким образом, Голоном могли называть уроженца песчаной местности или человека, пришедшего из тех краёв.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ов: к основе Голон прибавили патронимический суффикс, указав на принадлежность к роду Голона. Окончание -ы в форме множественного числа (Голоновы) типично для русских фамилий, когда речь идёт о целой семье или династии.

Версия о топонимическом происхождении выглядит убедительнее, чем гипотеза о связи с русским словом «голый» или «голень», — слишком специфична основа. Если бы прозвище возникло на чисто славянской почве, мы бы скорее увидели фамилии Голый, Голеньков или Голяков. Библейский след делает фамилию Голоновы заметным памятником не столько славянской письменности, сколько сложных культурных и миграционных связей, когда прозвище, данное по дальнему городу, закрепилось в русской ономастике.