Фамилия Голубничев — один из тех редких случаев, когда основа указывает не на птицу, а на конкретное занятие. Вопреки первому впечатлению, она образована не от «голубь» напрямую, а от слова «голубник» — так в старину называли голубятню. Суффикс -ев превращает это место в притяжательное прилагательное, а затем в фамилию: чей? — Голубничев. Проще говоря, родоначальник был человеком, который держал голубей, строил для них голубятни или, возможно, содержал почтовую голубиную станцию.

Модель образования здесь не самая частая. Обычно фамилии от названий профессий образуются напрямую: Кузнецов, Плотников. Здесь же сначала возникло слово «голубник» как обозначение места, потом от него — прозвище «Голубничий» (тот, кто при голубнике), и лишь затем — фамилия с суффиксом -ев. Такая цепочка встречается в северных и центральных говорах, где слово «голубник» было в ходу. В южных регионах то же самое называли «голубятник», и оттуда пошли Голубятниковы.

В словарях XIX века «голубничий» фиксируется как человек, ухаживающий за голубями, иногда — как сторож при голубятне. Это не было высоким ремеслом, но и не считалось низким: голубей держали и для забавы, и для связи, и на мясо. Фамилия могла закрепиться за крестьянином или мещанином, который специализировался на разведении птиц, а не просто кормил их во дворе.

Написание через «ч» — Голубничев, а не Голубницев — указывает на древнерусское происхождение. В таких фамилиях суффикс -ев присоединялся к основе на мягкий или шипящий согласный («ч»), что характерно для фамилий, возникших до XVII века. Если бы фамилия образовалась позже, в канцелярской среде, скорее всего, было бы Голубницев. Встречается и вариант Голубничов, но он ещё реже и, вероятно, связан с местным произношением.

Сегодня фамилия Голубничев — редкая. Её можно встретить в Курской, Белгородской областях и на Украине, в Сумской области. Это подтверждает связь с южнорусскими говорами, где слово «голубник» сохранялось дольше всего.