Фамилия Голыбдин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, перед нами нестандартная версия фамилии Голыбин. Разница в одну букву («д» вместо «н») часто возникает из-за диалектного произношения или ошибки писаря: в говорах «н» и «д» могли смешиваться, особенно в заударном слоге. Если это так, то основа та же: от прозвища Голыба, которое родственно слову «голый» (бедный, неимущий, не имеющий покрова).

Версия с суффиксом -дин встречается реже, чем -ин, но возможна. В некоторых русских говорах (особенно на северо-западе) существовала модель образования фамилий с помощью -дин от личных имён или прозвищ на -да, -дя. Например, от имени Голыба с наращением «д»: Голыбда → Голыбдин. Такое «вставное д» характерно для просторечия (ср. «здравствуйте» из «здраствуйте»). Тогда прозвище Голыбда (или Голыба) могло означать того же «голяка» — человека без имущества, бедняка.

Корень «гол-» в русских фамилиях продуктивен: Голованов, Голубев, Голышев. Но Голыбдин стоит особняком. В исторических документах фамилия почти не встречается, что указывает на её позднее закрепление и локальный характер. Сословно она, скорее всего, крестьянская или мещанская: «голытьба» — слово из народной среды, а не дворянской.

Есть и маловероятная версия: связь с тюркским корнем (например, татарское «голыб» — что-то округлое), но она не подтверждается ни географией бытования (фамилия фиксируется в основном в центральной России), ни типичной русской словообразовательной моделью. Поэтому версия с «голым» и диалектным наращением «д» — самая правдоподобная.