Фамилия Гомалий — одна из тех, где написание говорит больше, чем произношение. Если бы она писалась через «о» (Гомаль), можно было бы уверенно выводить корень из украинского или польского слова «гомін» (гомон, шум) или «гомілка» (голень). Но финаль «-ий» и ударение, которое в большинстве говоров падает на последний слог (Гомалий), подсказывают другое.

Скорее всего, перед нами фамилия украинского или белорусского происхождения, образованная от прозвища Гомал(ь). Суффикс -ий (в старом написании -iй) в восточнославянских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и часто указывает на притяжательное значение: «чей?» — «Гомалиев», то есть сын или человек Гомаля. Со временем окончание могло упроститься до -ий, как в фамилиях Бортний, Шевчий. Само прозвище Гомаль могло возникнуть от диалектного глагола «гомоніти» — говорить громко, шуметь, галдеть. В таком случае родоначальник Гомалий — человек с громким голосом или говорливый сосед.

Есть и более редкая, но правдоподобная версия — связь с тюркским корнем «гомал» или «гумал», что в некоторых диалектах означало «песок», «песчаная почва». Фамилии с таким корнем встречаются на юге России и в Причерноморье, где смешивались славянские и тюркские говоры. Тогда прозвище Гомаль мог получить человек, живший на песках или имевший песчаный цвет волос.

Географически фамилия Гомалий редкая. Основные следы — в центральной Украине (Черкасская, Киевская области) и в южных регионах России, куда украинские крестьяне переселялись в XVIII–XIX веках. В ревизских сказках и метрических книгах фамилия почти не встречается, что говорит о её позднем закреплении — скорее всего, в конце XIX века, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам.

Из-за редкости фамилии спекулятивных версий много, но самая надёжная — прозвищная, от «гомону». Никакого дворянского корня или связи с латинским «гомо» (человек) здесь нет: это чисто народная, бытовая фамилия, которую носили крестьяне или мещане.