Фамилия Гондусова — женская форма фамилии Гондусов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, потому что именно в нём скрыта загадка происхождения. Модель образования типична для русских фамилий: основа + суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Гондуса). Значит, ключ к фамилии — прозвище или имя Гондус.

Самая правдоподобная версия связывает Гондуса с диалектным словом «гондус» или «гундус». В южнорусских и украинских говорах так называли неуклюжего, медлительного или угрюмого человека. Слово, вероятно, заимствовано из тюркских языков, где «гундуз» означает «бобр» или «выдра» — зверей плотных, тяжеловатых на суше. Перенос значения с животного на характер человека в прозвищах — дело обычное: неповоротливого, как бобр, или ворчливого парня могли прозвать Гондусом.

Есть и более экзотическая гипотеза, которую стоит упомянуть только для полноты: связь с названием государства Гондурас. Но она не выдерживает критики. Фамилия фиксируется в российских переписных книгах XVII–XVIII веков, задолго до того, как название этой страны стало широко известно в России. К тому же топонимические фамилии в народной среде обычно образовывались от названий городов и рек, с которыми человек был связан, а не от далёких экзотических стран.

Географически фамилия Гондусов (и Гондусова) встречается в основном в южных регионах России — в Ростовской, Воронежской областях, а также на Кубани. Это подтверждает диалектную версию: ареал бытования прозвища совпадает с зоной распространения южнорусских говоров. Среди носителей фамилии нет известных дворянских родов — это крестьянская или казачья фамилия, образованная от уличного прозвища. В суффиксе нет ничего редкого, но сама основа «Гондус» — большая редкость, и именно она делает фамилию приметной среди тысяч других на -ов.