Фамилия Гонье — редкая для России, и её происхождение почти наверняка не связано с русской ономастической традицией. Если вы ищете корни в русском языке, то ответ будет коротким: такой фамилии в славянской модели образования нет. Скорее всего, перед нами французская фамилия Gонnier (Гонье) или её вариант, попавший в русский контекст через иммиграцию, браки или исторические события — например, после войны 1812 года, когда в России оседали французские пленные, гувернёры и ремесленники.

Разбирать здесь нечего: нет ни типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), ни корня, который бы давал прозвище или профессию. Во французском языке фамилия Gонnier могла образоваться от личного имени Gontier (Гонтье) — германского происхождения, от корня gund- («битва») и hari («армия»). То есть изначально это было имя, означавшее «воин из рода». Со временем оно превратилось в фамилию, и в России её записывали на слух — как Гонье, Гонье́ или даже Гоньер.

Встречается фамилия и в среде русских дворян, но только как наследие от предков-иностранцев. Например, в XIX веке в Петербурге и Москве жили несколько семей Гонье — выходцы из Франции и Швейцарии, которые занимались ювелирным делом, преподаванием или торговлей. Если ваши предки носили эту фамилию в России, ищите их следы не в крестьянских переписях, а в адрес-календарях столиц или в метрических книгах лютеранских и католических церквей.

Подводя итог: фамилия Гонье — не русская по происхождению, а западноевропейская, скорее всего французская. Её носители в России — потомки тех, кто приехал из-за границы, и их корни уходят в средневековое германское имя, означавшее «воин».