По одной из версий, фамилия Гониашвили образована от прозвища Гони, которое восходит к грузинскому слову goni – «ум, рассуждение». Вероятно, так называли умного, смышленого человека, к которому нередко обращались за советом. Согласно другой гипотезе, грузинская фамилия Гониашвили является родственной греческой фамилии Гониади. В прошлом у Греции и Грузии были довольно тесные торговые морские контакты, а в Грузии существовали греческие города-колонии. Поэтому появление в грузинской фамилии греческого корня представляется вполне возможным. В этом случае прозвище Гони могло быть образовано от греческого слова γονεύς – «родитель, отец», γονή - «рождение; плод, отпрыск, дитя; потомство, род» или γονίας – «роковой, сильный». Следовательно, основатель рода Гониашвили мог быть отцом большого семейства или же человеком с сильным характером.