Фамилия Гонкова — женская форма фамилии Гонков. В основе лежит прозвище Гонок. Слово «гонок» в русских говорах многозначно. В одном ряду значений — «быстрый, резвый, горячий» человек, тот, кто гонит, торопит. В другом — «гонок» как «беглец, тот, кто находится в бегах». В третьем, ремесленном — «гонщик», то есть погонщик лошадей, возница, или человек, занятый гоном (перегонкой) дегтя, смолы. Именно последнее, профессиональное значение могло закрепиться за предком-основоположником.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе мужского прозвища Гонок добавили патронимический суффикс -ов, получив Гонков. Гонкова — форма женского рода, указывающая на принадлежность к роду Гонковых (дочь, жена, вдова).

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в архангельских, вятских и пермских документах. Наличие фамилии в этих регионах косвенно подтверждает версию о смолокурном или извозном промысле предка: север и Урал — традиционные места дегтекурения и лесных перевозок.

С точки зрения словообразования интересно, что суффикс -ок в прозвище Гонок — не уменьшительный, а скорее характеризующий. Он образовывал имена по действию: бегунок, скакунок, гонок. Такая модель была продуктивна в XV–XVII веках, что позволяет отнести появление фамилии к достаточно раннему периоду.