Фамилия Гонькова — женская форма фамилии Гоньков, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени Гонько. Основа здесь — древнерусское слово «гонь», которое в разных диалектах имело несколько значений. Самое прямое — «гон», «преследование», «охота». Однако в псковских и тверских говорах «гонь» означала «росчисть», то есть участок земли, расчищенный от леса под пашню. Человек, который занимался такой расчисткой, мог получить прозвище Гонь. Кроме того, в некоторых областях «гонь» — это «мера длины» или «поле, прогон для скота», что тоже могло стать основой для прозвища, указывающего на род занятий или место жительства.

Суффикс -ко в основе Гонько — типичный для украинских, белорусских и южнорусских фамилий уменьшительно-ласкательный или просторечный формант. Он превращал полное имя или прозвище в более короткую, обиходную форму. Таким образом, Гонько — это человек, связанный с гоном, охотой или расчисткой земли, а Гоньков — его потомок. Фамилия образована по патронимической модели: «чей?» — Гоньков, то есть сын Гонько.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов, Гоньков встречается нечасто. Это указывает на то, что прозвище Гонько не было массовым, а бытовало в узком кругу — вероятно, в северо-западных регионах России, где слово «гонь» употреблялось в значении «росчисть». В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с подобными прозвищами, но конкретных исторических записей о Гоньковых мало, что типично для фамилий, не принадлежавших знатным родам.

Интересно, что фамилия Гоньков может быть связана и с диалектным глаголом «гонькать» — то есть «гнать, погонять». В этом случае прозвище Гонько мог получить возница, погонщик лошадей или человек, который торопил других. Впрочем, эта версия менее убедительна, так как глагол имеет ярко выраженную звукоподражательную природу и редко становился основой для устойчивого прозвища.

Таким образом, фамилия Гонькова говорит о том, что её носительницы ведут свой род от человека по имени или прозвищу Гонько, который, скорее всего, был либо охотником, либо крестьянином, осваивавшим новые земли под пашню.