Фамилия Гордюшкина образована от имени Гордюшка — народной, обиходной формы крестильного имени Гордий. В основе лежит цепочка, типичная для русских фамилий: полное церковное имя → его уменьшительный вариант → фамилия на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Гордюшкин, то есть сын или потомок Гордюшки.

Точное значение имени Гордий не установлено, но по наиболее распространённой версии оно восходит к греческому Горгий («грозный», «быстрый»). В античной истории Гордием звали легендарного фригийского царя, основателя города Гордион, того самого, кто завязал знаменитый гордиев узел. Однако напрямую связывать фамилию с царём не стоит: в русской традиции имя Гордий давали в честь святого мученика III века, а не мифического правителя.

Сама форма Гордюшка — характерный для простонародной среды вариант: суффикс -юшк- придавал имени ласкательный или обиходный оттенок (ср. Ванюшка, Марьюшка). Это прямо указывает на то, что основатель рода Гордюшкиных, скорее всего, принадлежал к крестьянскому или мещанскому сословию. Фамилия фиксируется преимущественно в центральных и поволжских регионах России, что типично для фамилий, образованных от имён с уменьшительными суффиксами.

В отличие от распространённых Гордеевых (от полной формы имени), фамилия Гордюшкин встречается заметно реже — это её и выделяет. Она сохранила живую разговорную форму, которая вышла из употребления ещё в XIX веке. Таким образом, носитель фамилии Гордюшкина получает не просто отсылку к древнему имени, а прямое указание на то, как именно звали предка в быту — ласково или попросту, по-деревенски.