Фамилия Говейны — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее морфологии. Она почти наверняка происходит от топонима Говейны — названия хутора или небольшого поселения, существовавшего на территории бывшего Великого княжества Литовского, скорее всего, в современной Беларуси или Литве. В пользу этого говорит окончание -ы, типичное для литовских и белорусских названий населенных пунктов, которые затем переходили в фамилии польского или западнорусского образца. Форма множественного числа (Говейны) указывает на то, что фамилия закрепилась за целым родом, происходящим из одного места, — в традиции шляхетских и крестьянских фамилий это было обычным делом.

Сама основа — «Говей» — восходит к древнему литовскому или балтскому корню, связанному со словом «говяда» (скот) или с личным именем Goveinis. В польском языке есть слово «gowić» — «кормить, пасти», что также указывает на связь со скотоводством. Таким образом, исходное прозвище или название хутора могло означать «пастуший» или «скотный двор». Фамилия не получила широкого распространения за пределами региона, где находился исходный топоним, и сегодня встречается крайне редко, в основном у потомков местной мелкой шляхты или зажиточных крестьян, чьи предки владели или арендовали этот хутор.

Словообразовательная модель здесь нестандартна для великорусских фамилий: суффикс -ин или -ов отсутствует, а окончание -ы является реликтом польско-литовской ономастики, где фамилии на -ы (типа Ковальски, Вишневски) часто обозначали принадлежность к роду или местности. В русской среде такую форму могли «обрусить», добавив окончание -ов, но вариант Говейны сохранился в исходном виде, что говорит о сохранении памяти о географическом происхождении. Искать однокоренные фамилии стоит в белорусских и литовских архивах — там же можно найти и варианты написания: Говейн, Говейнис.