Фамилия Говнищев — один из тех редких случаев, когда исходное слово настолько прозрачно, что сразу вызывает вопросы. Вопреки первому впечатлению, ничего оскорбительного в основе фамилии нет: перед нами типичное древнерусское нецерковное имя-прозвище, образованное по продуктивной модели. Основа «говн-» в древнерусском языке не имела того табуированного значения, которое закрепилось за ней позже. Слово «говно» изначально означало «грязь», «нечистоты», «кал» — то, что связано с землей, навозом, отходами. Такие «неблагозвучные» имена (Говно, Говнище, Говняк) давали детям в качестве оберегов: считалось, что злые духи не позарятся на ребенка с «плохим» именем.

Суффикс «-ище» в основе фамилии — увеличительный, характерный для прозвищ, указывающих на физическую особенность или род занятия. «Говнище» — это не просто «грязь», а «большая куча грязи» или, в переносном смысле, человек, который постоянно возится в нечистотах. Скорее всего, прозвище Говнище давали не «грязнуле» в бытовом смысле, а человеку, чья работа была связана с навозом, выгребными ямами или очисткой отхожих мест. В условиях русской деревни это была необходимая, хоть и не престижная работа, и прозвище закреплялось за конкретным родом занятий.

Фамилия образована по стандартной патронимической схеме: от прозвища Говнище с помощью притяжательного суффикса «-ев» (Говнищев — сын Говнища). Это указывает на то, что фамилия сложилась в центральных и северных регионах России, где суффикс «-ев» доминировал над «-ин» для основ на мягкий согласный и шипящий. В южных и западных областях аналогичная фамилия могла бы звучать как Говнищенко или Говнищук.

В дореволюционных переписях и писцовых книгах фамилия встречается крайне редко, что подтверждает её локальный и, вероятно, социально низкий характер. Она не могла принадлежать дворянам или купцам — её носителями были крестьяне, посадские люди или ремесленники. После революции, когда многие «неблагозвучные» фамилии меняли на более благородные, Говнищевы могли сознательно изменить написание (например, на Говорков, Говоров или Говенов), поэтому сегодняшних носителей мало.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Говнов, Говядин, Говенов) показывает, что все они восходят к одному корню, но Говнищев — самая «редкая» и архаичная форма, сохранившая увеличительный суффикс. В этимологических словарях (например, в работе Б. Унбегауна «Русские фамилии») эта модель описана как типичная для древнерусских «обережных» имен, и фамилия Говнищев — один из немногих живых примеров такого словообразования.