Фамилия Говницов — редкая и звучит неблагозвучно для современного уха, но в прошлом у неё было конкретное и безобидное значение. Она образована от прозвища Говнец, которое в старину давали не «грязнуле», а человеку, связанному с определённым ремеслом или местом. В русских говорах словом «говнец» называли нечистоты, отходы, а также золу, шлак или перегоревший уголь. Прозвище мог получить кожевник, работавший с навозом для выделки кож, или золотарь, занимавшийся вывозом нечистот. Другая версия — прозвище дали по месту жительства: у «говнца» (болотистой, топкой низины) или у места, где скапливался мусор. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Говницов — сын Говнца, то есть потомок человека с таким прозвищем.

В написании фамилии закрепилась форма с -иц- (а не -ец-), что встречается в северных и центральных русских говорах, где «е» переходило в «и» под ударением. Встречается также вариант Говнецов, но он ещё реже. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или посадская, и её носители жили в глухих деревнях, где прозвища давали по хозяйственным занятиям.

Сравните с однокоренными фамилиями: Говнов, Говняев, Говновский. Все они восходят к тому же корню, но Говницов выделяется суффиксом, который мог указывать на уменьшительную или уничижительную форму прозвища. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели описаны как типичные для прозвищ, связанных с ремеслом и бытом.

В современных базах данных фамилия единична. Встречается в Вологодской области и на Урале, что косвенно подтверждает её северное происхождение. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией нет, и это ожидаемо: фамилия из низовых слоёв, не попавшая в дворянские родословные.