Фамилия Говносайт — настолько редкая и нестандартная для русского ономастикона, что её происхождение приходится реконструировать почти с нуля. В официальных справочниках (словари Унбегауна, Никонова, Веселовского) она не зафиксирована, что сразу наводит на мысль: перед нами не древняя родовая фамилия, а относительно позднее образование, возникшее не ранее XVIII–XIX веков.

Словообразовательная модель здесь необычна. В русских фамилиях почти не встречается сложение двух корней, где вторая часть — «сайт» (смысл: «место», «участок»). Если отбросить современное компьютерное значение, то в диалектах «сайт» или «сайта» могло означать «поляна», «покос», «выгон» (ср. северные говоры). Первая часть — «говно» — в прозвищах традиционно указывала на неряшливого человека, скотника или того, кто работал с нечистотами (золотарь, кожевник). Таким образом, Говносайт могло быть прозвищем человека, жившего на грязном, запущенном участке земли, или того, кто занимался вывозом отбросов на определённое место.

Вероятнее всего, фамилия сложилась в среде крестьян или городских низов центральной России, где были распространены «говорящие» прозвища, состоящие из двух частей. Устойчивый суффикс отсутствует — фамилия не имеет типичного окончания (-ов, -ин, -ский), что характерно для поздних искусственных фамилий, которые иногда давали при переписи населения чиновники, записывая прозвище в том виде, в каком его услышали. Альтернативная версия — это переосмысление иноязычной фамилии (например, немецкой или польской) на русский лад, но убедительных параллелей нет.

Из-за редкости фамилии невозможно говорить о сословной принадлежности предков или о географии её бытования в прошлом. Сейчас носители встречаются единично, и фамилия воспринимается как неблагозвучная, хотя исторически она могла быть абсолютно нейтральным профессиональным или топографическим прозвищем, лишённым современного грубого оттенка.