Фамилия Говнячкин — один из тех случаев, когда прямое значение основы заставляет усомниться в его буквальном прочтении. Вопреки очевидной ассоциации, носитель этой фамилии вряд ли был напрямую связан с нечистотами. Словообразовательная модель указывает на суффикс -к-: сначала от основы «говн-» образовали прозвище Говняк или Говнячка, а уже от него — фамилию с типичным русским суффиксом принадлежности -ин. Суффикс -к- в прозвищах часто имел уменьшительно-уничижительный или, наоборот, ироничный оттенок, смягчавший резкость корня.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию не с прямым значением, а с ремеслом. В русских говорах «говняк» или «говнячок» могли называть кожевника или сыромятника — мастера, работавшего с навозом для выделки кож. В кожевенном деле использовали экскременты животных для размягчения и дубления, отсюда и прозвище по специфике труда. В этом ряду стоят и фамилии Говядин, Говядинов (от «говядо» — крупный рогатый скот), а также Кожемякин. Таким образом, Говнячкин — потомок не «грязнули», а скорее ремесленника, чья работа была грязной, но необходимой.

Встречаемость фамилии крайне низкая, и это не случайно. В дореволюционной России при переписях и записи в метрические книги неблагозвучные прозвища часто заменяли или видоизменяли — Говнячкин мог «превратиться» в Говядинкина, Гавричкина или просто исчезнуть. Те, кто сохранил исходную форму, происходят из мест, где прозвище успело закрепиться до того, как стало «неприличным». По косвенным данным, фамилия бытовала в северных и центральных губерниях, где кожевенные промыслы были распространены.

Фонетически фамилия прошла через народную перестройку: ударение в исходном слове «говняк» падает на второй слог, но в фамилии оно сместилось на первый — Го́внячкин. Это типично для русских фамилий, где суффикс -ин «перетягивает» ударение на себя, отдаляя звучание от грубой основы. Сегодня носители фамилии — это потомки тех, кто не стал менять фамилию при советской паспортизации, когда неблагозвучные фамилии массово «исправляли».