Фамилия Говтьян — нечастая, и её происхождение почти наверняка связано с армянским языком. На это указывает характерный суффикс -ян, который в армянских фамилиях означает принадлежность к роду: «из рода такого-то». В русском языке эта модель закрепилась в форме -ян (а не более архаичное -янц), что говорит о том, что фамилия оформилась в среде армян, живших в Российской империи или в диаспоре, где окончание упростилось.

Основа фамилии — «Говт» (Говд, Говт). Здесь возможны два объяснения, и оба ведут к прозвищу или личному имени. Первое: армянское слово «говт» означает «овчарня», «загон для скота», а также «пастух». В этом случае фамилия Говтьян могла возникнуть как прозвище пастуха или владельца овечьих загонов. Второе: «Говт» — это усечённая форма личного имени, например, Геворг (Георгий) или Говтанак. В армянской традиции такие сокращения в основе фамилий встречаются часто: от полного имени отсекали часть, добавляли суффикс -ян, и получалась фамилия, означавшая «сын такого-то».

С точки зрения географии, фамилия Говтьян, скорее всего, сформировалась в Западной Армении (исторические области Васпуракан, Ахдзник) или в среде армян, переселившихся в XIX веке в Крым, на Кубань или в Ростовскую область. В современной России она редка, встречается в основном на юге, а также в Армении и в диаспоре.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Говтасян, Говтанян — показывает, что вариант Говтьян мог возникнуть из-за упрощения сочетания «тс» или «тн» в произношении. В разговорной речи «Говт» звучит короче, и фамилия могла закрепиться именно в такой форме. Социальный контекст: армянские фамилии на -ян в массе своей не были дворянскими, они принадлежали ремесленникам, крестьянам, торговцам. Говтьян не исключение — предок, скорее всего, был связан со скотоводством или носил имя, которое в быту сократили до прозвища.