Фамилия Говтян — довольно редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. Суффикс -ян прямо указывает на армянскую модель образования фамилий, где этот патронимический суффикс (как и более редкий -янц) означает принадлежность к роду или происхождение от предка.

Основа Говт- может быть вариантом армянского имени или прозвища. Самая вероятная версия связывает её с армянским словом «говт» (гявут) — в некоторых диалектах так называли пастуха, особенно того, кто пас крупный рогатый скот. В таком случае Говтян — потомок пастуха, и фамилия образована по той же модели, что и русские Прохоров или Кузнецов, но на армянской почве.

Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза — происхождение от личного имени Говт, которое могло быть сокращением от более длинных теофорных имён (содержащих компонент «Геворг» или «Габриэл»). В армянской традиции фамилии на -ян часто образовывались именно от имён, поэтому вариант «потомок Говта» тоже имеет право на существование.

Написание фамилии через «я» (Говтян, а не Говтян) — это стандартная русская передача армянского суффикса -յան. В самой Армении фамилия могла произноситься с более мягким «т» или с призвуком «й» после гласной, но на письме в русском языке закрепился именно такой вариант.

С географической точки зрения, носителей фамилии Говтян стоит искать в регионах традиционного расселения армян — в Армении, а также в диаспорах Краснодарского края, Ростовской области и Ставрополья, куда армяне переселялись в XIX–XX веках. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается редко, что подтверждает её относительно позднее закрепление в русскоязычной среде.